El Hospital Universitario Cruces inició la formación de especialistas en el año 1972 y actualmente está acreditado para 45 especialidades con una capacidad de más de 400 residentes.

En el año 2017 el Ministerio acredita la Unidad Docente Multiprofesional de Pediatría del hospital,  la primera a en el País Vasco y en 2019 la Unidad Docente Multiprofesional de Salud Mental, ampliándose nuestra oferta formativa a Psicología Clínica y Enfermería  de Salud Mental.

Además, colaboran en la formación de nuestros residentes el Hospital Virtual José María Rivera y el Instituto de Investigación Biocruces Bizkaia.